Kréta északi partján épült fel a legnagyobb palota, melyet sokáig a többi krétai palota mintájának tartottak. A régészeti kutatások azonban bebizonyították, hogy nagyjából egy időben épült fel a többivel, tehát valószínűleg máshonnan, feltehetően Észak-Szíriából vettek át egy már korábban kész sémát, és azt alakították a saját igényeiknek megfelelően. Knóssost először Minos Kalokairinos krétai régész kezdte el ásni, majd Sir Arthur Evans (1851–1941) angol régész tárta fel 1900-tól kezdve több éven át, rádöbbentve a tudományos világot, hogy lézetett egy önálló minósi kultúra a mykénéi előtt, de ugyanakkor az ő elképzeléseit és rekonstrukciós munkáját a későbbi kutatások nem mindenben igazolták. Az egyik leghíresebb ilyen tévedése talán a „tollkoronás herceg” nevű freskó restaurálása: három töredékes freskóból rakta össze Evans, így alkotva meg egy teljesen új, a minósi időkben soha nem létezett ábrázolást. A többi palotához hasonlóan itt is egy nagy központi udvar köré szerveződött az épület. Az udvartól északra pillércsarnok emelkedett, itt lehetett a konyha és az étkező, amit megerősíteni látszik, hogy az északkeleti zónában jelentős mennyiségű főzőedényt találtak. Nyugaton hosszú folyosó húzódott, ebből nyíltak a jellegzetesen hosszúkás, szűk raktárhelyiségek, bennük kővel bélelt ládák és pithosok, amelyekben a palota készleteit tartották; ruhákat, gabonát, bort, olajat. Ezeknek a tárolóedényeknek az összes kapacitása megközelítőleg 10 000 hektoliter lehetett. A nyugati szárnyban helyezkedett el továbbá a trónterem, amihez tartozott egy fürdőmedence is. Szintén ezen az oldalon húzódott a felvonulási folyosó, falain felvonulási jelenetet ábrázoló freskóval. A keleti részen volt a király és királyné szállása, de itt volt a híres „kettős bárdok csarnoka” is, amely nevét a falak díszítéséről kapta. Az emeleti traktusról leginkább csak azt lehet megállapítani, hogy létezett, több lépcsőn lehetett megközelíteni, de hogy pontosan milyen rendeltetéssel bírt, az már vitatott. Az épület rendelkezett vízvezetékkel vagy csatornával, illetve több helyiségből kerültek elő színes freskók. Rendkívül összetett alaprajza miatt ezt a palotát szokták azonosítani a mondabeli labirintussal, amit Daidalos épített Minós király parancsára, és ahova Minotaurost zárták, amit végül Théseusnak, Aigeus király fiának, Athén későbbi királyának sikerült elpusztítani Ariadné segítségével – legalábbis a hagyomány szerint.